Осенью 2003 года мир столкнулся с невиданной ранее угрозой. Кордицепс, прежде поражавший лишь насекомых, мутировал и начал убивать людей. Гриб захватывал разум заражённых, превращая их в чудовищ. В первые же сутки эпидемии простой рабочий Джоэл потерял самое дорогое.
Прошли десятилетия. Теперь Джоэл выживает в закрытом Бостоне, где правит военная организация FEDRA. Вместе с подругой Тэсс он ищет способ выбраться из города. Им нужен аккумулятор для машины — без него не добраться до родного брата Джоэла.
Неожиданно им предлагают сделку. Раненая женщина, возглавляющая группу сопротивления, просит переправить через городскую черту девочку-подростка по имени Элли. Взамен — машина и всё необходимое. Но зачем повстанцам эта упрямая сирота?